shelxtl解晶体软件 v2014
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shelxtl是一款很强大的解晶体软件，是由德国Goeltingen大学Sheldrick教授等编写的。SHELXTL软件包包含五个主要程序：XPREP，XS，XP，XL，XCIF。它们使用的文件为“name.ext”，其中“name”是一个描述结构的自己定义的字符串，不同的“ext”则代表着不同的文件类型。在SHELXTL结构分析过程中，主要涉及到三个数据文件：name.hkl；name.ins；name.res，其中INS和RES文件具有相似的数据格式，区别只是INS是指令(instruction)文件，它主要是充当XS及XL的输入文件，而RES是结果(result)文件，主要保存XS及XL的结果，RES中包含有直接法XS或最小二乘法XL产生的差Fourier峰。HKL文件是ASCII型的衍射点数据文件，包含H，K，L，I和o(I)，其中HKL文件的格式决定了它不能进行除了DIFABS型校正之外任何校正，INS和RES文件中主要包含单胞参数，分子式(原子类型)，原子位置坐标及XL指令等，它们是由一些指令定义的ASCII文件。
1.双击打开“Disk1”文件夹，并点击“setup.exe”
2.进入正式的安装，可直接跳过内容浏览，直接点击“Next”
3.进行信息的相关输入，具体信息的输入:
1)NAme和Company尽量不要修改，建议默认
2）seial(序列号):2wdc7mes
4.进行安装路径的选择，默认路径为C:SAXI，若用户需要更改路径，可点击“Browse”更换路径，路径更为完毕可点击“Next”
5.之后直接点击下一步下一步知道安装完成即可
二、win64
若你的系统为win8 64位或win7 64位，那么直接装shelxtl是不可以使用的，需要改一下电脑的环境变量。
打开计算机，右键属性，单击高级系统设置，点击环境变量，单击系统变量下的新建，分别在变量名和值中输入一下信息。
1.变量名path 值%SystemRoot%system32;%SystemRoot%;%SystemRoot%System32Wbem;C:SAXISXTL;;C:SAXI;C:Program Files(×86)Common FilesTTKNBin（注意首先找到C盘下的Program Files(×86)这个文件夹，有的在 Files(×86)中间有空格，那么也要把空格输入，就是保证与自己电脑里的文件夹一致，如果不一致则无法进行晶体解析）
2.变量名SAXI$ROOT:值C:SAXI
3.变量名SAXI$SITE:值 win8 （此处随意输入）
4.变量名SAXI$USERNAME:值user(此处随意输入）
5.变量名SXTL:值C:SAXISXTLSXTL.INI
6.变量名SXTL$SYSTEM:值C:SAXISXTL
之后确定，即可
（注意冒号不要丢掉哦）
1.XPREP*输入分子式
2.XS*
3.XL*（结构修正）
1）refine之前的工作
EDIT *.RES
改L.S.4-10FMAP 2 ( )60 PLAN 20
方法1
打开 *.RES，把温度因子高的点删去
方法二 XP
READ*
FMOL
PROJ
PICK 杀点
FILE *
QUIT
4.XL *
(5,6 可循环多次, 直到修出理想结构图)
5.XP
READ *
FMOL
PROJ
PICK 命名/ NAME
FILE *
QUIT
6.EXIT
二、用WINDOWS 系统的PLATON软件找正确或标准的空间群
1.打开FILE
2.进入PLATON SHORTCUT 双击CAL-ALL
3.关闭PLATON
4.假DOS下进入LIS及RES文件, 看空间群是否改过
5.EXIT
6.打开PLATONPLATON MENUADDSYM–SHX , 双击
7.进入DOS系统
三、ANIS
1.EDIT *.RES
改ZERR
SFAC
UNIT
加L.S. 10
FMAP 2 ( ) 60
PLAN 20
改原子顺序号
2.XP
READ*
FMOL
PROJ
PICK
FILE*
QUIT
3.XL*
4.EDIT*.RES下加ANIS
5.XL*
6.XP
READ*
FMOL
PROJ
HADD
FILE*
QUIT
7.XL*
8.EDIT*.RES下换WEIGHT至不变
四、CIF及TEX的产生
1.EDIT *.RES下加ACTA
2.XL *3.XCIF4.输入文件名*
5.STRUCTURE CODE [?]: 选T
6.*.TEX
7.多次回车
8.FILE NAME EXTENSION FOR XCIF: DEF
9.Q
10.EDIT
*.TEX
1.光标指在欲选择位置，点S键，可依次选择所有的要选择的原子或Q峰
2.光标指在欲选择位置，右手键点“Select”，可依次选择原子
3.用Select菜单（或背景右手键点“Select”）可选择部分和所有的原子或Q峰，顺序与原顺序相同
4.按住“Shift”键，左手键拖出一个选择框并同时轻开，可选择一个或多个原子
5.点refine菜单，系统会提示有Q峰没命名，并选择所有Q峰，顺序与原来顺序相同
二、删除原子或（Q）峰的方法
1.光标指在欲删除位置（原子或键），点K键
2.光标指在欲删除位置，右手键点Bonds and Angles，再在对话框中点“Delete”
3.光标指在欲删除位置，右手键点“Delete”
4.先选择，再点Select菜单中的Kill selected e在ins文件删除
三、恢复删错的原子或（Q）峰的方法
点“Edit>Restore Killed Atom”，先选择要恢复的原子（或Q峰），再点“Restore”
四、命名（标记）原子或（Q）峰的方法
1.先选择，再用Lablels菜单中的Group label
2.光标指在要命名的位置，用右手键的Edit
3.光标指在欲命名位置，右手键点Bonds and Angles，再在对话框中点“Rename”
1、*1.raw,*2.raw… CCD最原始文件，为校正而保留
2、*._ls 记录数据处理文件，包含数据完成度及最后精修单胞参数所用的衍射点
3、*.abs 校正结果文件，主要包含Tmin，Tmax
4、*.hkl 经SADABS校正后的衍射点文件
5、*.p4p 矩阵文件，包含单胞参数
二、如果独立单元中分子较多，可光标指在 一个分子中的某一原子上，再用右手键菜单中的UNIQ指令把其分离出来处理
三、如果独立单元只是分子的一部分，原子不好取舍，可用右手键菜单中的GROW指令把分子长全处理
1.如果仍得不到较为合理的初始结构，则应试验用三种方法中的另一法，或试验用不同的ESEL值 *
2.如果试验用各种方法，仍不行，那就要考虑是不是出现了如下的问题：
1)结构的解析中的若干问题
A.晶胞的错误确定
用CCD探测器，仪器可以自动确定晶胞（分别在matrix、sadabs和xprep中），但有时会不正确，因而晶系和空间群会因之错误
解决方法：在xprep中重新确定晶胞；实在不行，需用收集数据重新做晶胞
B.空间群的错误指认
主要的三种情况：
a.晶胞的错误确定引起的
b.仪器只根据Rint和CFOM（诊断因子）值来确定，有时会降低晶体的对称性
c.由系统消光规律的错误判断引起
解决方法：在xprep中重新确定空间群；重新做晶胞
[P]Contour PATTERSON Secions 计算显示Patterson截面
[H]Search for HIGHER mertric symmetry 寻找更高的对称性
[S]Determine or input SPACE GROUP 确定或输入已知的空间群
[A]Apply ABSORPTION corrections 吸收校正
[M]Test for MEROHEDRAL TWINNING孪晶缺面试验
[L]Reset LATTICE type of Original Cell重设原始晶胞的晶格类型
[C]Define unit-cell CONTENTS定义单胞的化学组成
[F]Setup SHELXTL FILES建立计算指令文件
[R]RECIPROCAL Space Displays显示倒易空间
[U]UNIT-CELL transformations转换晶胞
[T]Change TOLERANCES改变一些变量的容忍值
[O]Self-rotaion function自旋函数
[Q]Quit Program退出程序
SMART CCD由于设备的特殊性使得它不具有四圆一样的PSI校正(由于晶体外观的不对称性)，但由于在CCD所收集的数据中有很多对的等效点，因而也可拟合出一条经验校正曲线。SADABS就是Sheldrick特别为CCD数据编写的校正程序。
由于SADABS使用等效点，因而要求输入正确的Laue群，只有正确的Laue群才能保证校正的正确性。
SADABS还提供了与θ有关的校正——所谓的球形校正，它的原理就是在不同的θ角衍射时，X射线通过的光程不同，因而吸收也不同，该校正要求μR值，其中R为晶体几何尺寸中最小的边长，而晶体的吸收因子μ是由化合物的分子式决定的，因而只有在结构完全解释出来之后才能进行这个校正，而这种校正目前有些刊物是要求提供的。也正因为如此，要求保留最原始的数据文件*.RAW。
2、数据处理-XPREP
XPREP主要完成数据处理工作，它要求存在RAW或HKL文件，它的使用命令是：
Xprep name
它是一个交互式菜单驱动程序并提供了一个缺省运行过程：
1.从name.hkl文件(若存在)或name.raw文件中读入衍射点
2.从name.p4p或键盘获得单胞参数及误差；
3.判断晶格类型
3、寻找最高对称性
单胞参数只是晶体对称性的外在表现形式，衍射点的对称才是晶体对称性的内在表现。虽然SMART中也对晶格类型进行判断，但由于CCD中搜寻衍射点的对称性的代价较为昂贵，通常在收集数据时不检测衍射点的对称性，这样导致在收集数据时所判断的对称性不准确，而且由于此时进行指标化的衍射点未必很好，导致某些轴之间的偏差比设定的偏差大从而不能得到真正的对称性，即使选定的对称性比实际的对称性要低。而在SAINT以大量的衍射点精修单胞参数之后，单胞参数趋向真实值，此时再对单胞参数进行转化，可以更准确地得到晶体的对称性。
4、确定空间群
XPREP按照选定的晶系，晶格类型，E值统计，消光特点来判断空间群，并给出了可能的空间群及其对应的综合因子CFOM，CFOM越小，空间群的可能性越大，一般CFOM小于1表明建议的空间群很大可能是正确的，而CFOM大于10则表明可能是错误的，通常CFOM小于10的空间群是可以接受的
5、输入分子式
SHELXTL在进行结构解释时，分子式并不十分重要，重要的只是原子的种类，当然在有有机基团存在的情况下只提供原子种类是难以进行结构解释的，必须提供有机基团的结构类型，最简单的例子：六元环可能是苯环，也可能是吡啶环甚至其它的环，若不知基团类型是无法解释的。
但在产生结构报表时还是需要准确的分子时，甚至在进行与θ有关的校正时也需要准确的分子式。
在输入原子种类之后，XPREP将产生name.ins及name.hkl文件，到此完成数据处理工作。
6、结构解释——XS
除非有异质同晶的化合物结构(可以套用它的结构)，否则任何化合物的结构解释都必须对结构进行初解释。SHELXTL中XS可通过①直接法；②Patterson法；③碎片法对结构进行解释，它的运行命令如下：
xs name
它要求存在name.ins及name.hkl两个文件，并将产生name.res文件，在name.res文件中，XS自动按照所给的原子种类把最强的峰命名为最重的原子，并把后续的峰按照其强度进行可能的命名，同时还进行结构修正，产生更多的差Fourier峰。在某些情况下XS结果是极其准确的，它可以直接得到大部分结构(直接法)，而这些结构在后续的差Fourier峰中都未必看的更清楚。
表征直接法质量的参数有：CFOM及RE，它们越小表明直接法越成功，通常情况下CFOM在0.1，RE在0.3以下表明直接法可能是成功的。
但直接法也有其局限性，特别是对于那些单斜晶系有心空间群，此时可把空间群降低成无心结构但要记住最后必须把它还原成有心结构，或者可使用Patterson法。在有超过Na的重原子存在的条件下，Patterson法可以给出较好的结果，但Patterson不进行结构修正，也没有很好的表征参数。
project→delete掉所有project，hkl文件不行，试试p4p文件。:hand::hand::hand::hand:
方法二
Project name换一个，有重名的
shelxtl安装
一、win321.双击打开“Disk1”文件夹，并点击“setup.exe”
2.进入正式的安装，可直接跳过内容浏览，直接点击“Next”
3.进行信息的相关输入，具体信息的输入:
1)NAme和Company尽量不要修改，建议默认
2）seial(序列号):2wdc7mes
4.进行安装路径的选择，默认路径为C:SAXI，若用户需要更改路径，可点击“Browse”更换路径，路径更为完毕可点击“Next”
5.之后直接点击下一步下一步知道安装完成即可
二、win64
若你的系统为win8 64位或win7 64位，那么直接装shelxtl是不可以使用的，需要改一下电脑的环境变量。
打开计算机，右键属性，单击高级系统设置，点击环境变量，单击系统变量下的新建，分别在变量名和值中输入一下信息。
1.变量名path 值%SystemRoot%system32;%SystemRoot%;%SystemRoot%System32Wbem;C:SAXISXTL;;C:SAXI;C:Program Files(×86)Common FilesTTKNBin（注意首先找到C盘下的Program Files(×86)这个文件夹，有的在 Files(×86)中间有空格，那么也要把空格输入，就是保证与自己电脑里的文件夹一致，如果不一致则无法进行晶体解析）
2.变量名SAXI$ROOT:值C:SAXI
3.变量名SAXI$SITE:值 win8 （此处随意输入）
4.变量名SAXI$USERNAME:值user(此处随意输入）
5.变量名SXTL:值C:SAXISXTLSXTL.INI
6.变量名SXTL$SYSTEM:值C:SAXISXTL
之后确定，即可
（注意冒号不要丢掉哦）
shelxtl中文教程
一、解单晶的基本程序1.XPREP*输入分子式
2.XS*
3.XL*（结构修正）
1）refine之前的工作
EDIT *.RES
改L.S.4-10FMAP 2 ( )60 PLAN 20
方法1
打开 *.RES，把温度因子高的点删去
方法二 XP
READ*
FMOL
PROJ
PICK 杀点
FILE *
QUIT
4.XL *
(5,6 可循环多次, 直到修出理想结构图)
5.XP
READ *
FMOL
PROJ
PICK 命名/ NAME
FILE *
QUIT
6.EXIT
二、用WINDOWS 系统的PLATON软件找正确或标准的空间群
1.打开FILE
2.进入PLATON SHORTCUT 双击CAL-ALL
3.关闭PLATON
4.假DOS下进入LIS及RES文件, 看空间群是否改过
5.EXIT
6.打开PLATONPLATON MENUADDSYM–SHX , 双击
7.进入DOS系统
三、ANIS
1.EDIT *.RES
改ZERR
SFAC
UNIT
加L.S. 10
FMAP 2 ( ) 60
PLAN 20
改原子顺序号
2.XP
READ*
FMOL
PROJ
PICK
FILE*
QUIT
3.XL*
4.EDIT*.RES下加ANIS
5.XL*
6.XP
READ*
FMOL
PROJ
HADD
FILE*
QUIT
7.XL*
8.EDIT*.RES下换WEIGHT至不变
四、CIF及TEX的产生
1.EDIT *.RES下加ACTA
2.XL *3.XCIF4.输入文件名*
5.STRUCTURE CODE [?]: 选T
6.*.TEX
7.多次回车
8.FILE NAME EXTENSION FOR XCIF: DEF
9.Q
10.EDIT
*.TEX
SHELXTL命令
一、选择原子或（Q）峰的方法1.光标指在欲选择位置，点S键，可依次选择所有的要选择的原子或Q峰
2.光标指在欲选择位置，右手键点“Select”，可依次选择原子
3.用Select菜单（或背景右手键点“Select”）可选择部分和所有的原子或Q峰，顺序与原顺序相同
4.按住“Shift”键，左手键拖出一个选择框并同时轻开，可选择一个或多个原子
5.点refine菜单，系统会提示有Q峰没命名，并选择所有Q峰，顺序与原来顺序相同
二、删除原子或（Q）峰的方法
1.光标指在欲删除位置（原子或键），点K键
2.光标指在欲删除位置，右手键点Bonds and Angles，再在对话框中点“Delete”
3.光标指在欲删除位置，右手键点“Delete”
4.先选择，再点Select菜单中的Kill selected e在ins文件删除
三、恢复删错的原子或（Q）峰的方法
点“Edit>Restore Killed Atom”，先选择要恢复的原子（或Q峰），再点“Restore”
四、命名（标记）原子或（Q）峰的方法
1.先选择，再用Lablels菜单中的Group label
2.光标指在要命名的位置，用右手键的Edit
3.光标指在欲命名位置，右手键点Bonds and Angles，再在对话框中点“Rename”
SHELXTL提供的数据文件
单晶衍射实验室为用户提供了下列数据文件:1、*1.raw,*2.raw… CCD最原始文件，为校正而保留
2、*._ls 记录数据处理文件，包含数据完成度及最后精修单胞参数所用的衍射点
3、*.abs 校正结果文件，主要包含Tmin，Tmax
4、*.hkl 经SADABS校正后的衍射点文件
5、*.p4p 矩阵文件，包含单胞参数
SHELXTL使用技巧
一、解析和精修结构 的初期，可把C、O、N都定为C二、如果独立单元中分子较多，可光标指在 一个分子中的某一原子上，再用右手键菜单中的UNIQ指令把其分离出来处理
三、如果独立单元只是分子的一部分，原子不好取舍，可用右手键菜单中的GROW指令把分子长全处理
1.如果仍得不到较为合理的初始结构，则应试验用三种方法中的另一法，或试验用不同的ESEL值 *
2.如果试验用各种方法，仍不行，那就要考虑是不是出现了如下的问题：
1)结构的解析中的若干问题
A.晶胞的错误确定
用CCD探测器，仪器可以自动确定晶胞（分别在matrix、sadabs和xprep中），但有时会不正确，因而晶系和空间群会因之错误
解决方法：在xprep中重新确定晶胞；实在不行，需用收集数据重新做晶胞
B.空间群的错误指认
主要的三种情况：
a.晶胞的错误确定引起的
b.仪器只根据Rint和CFOM（诊断因子）值来确定，有时会降低晶体的对称性
c.由系统消光规律的错误判断引起
解决方法：在xprep中重新确定空间群；重新做晶胞
shelxtl显示下的菜单解释
[D]Read,Modify or Merge DATDSETS 读入、更改、合并衍射数据[P]Contour PATTERSON Secions 计算显示Patterson截面
[H]Search for HIGHER mertric symmetry 寻找更高的对称性
[S]Determine or input SPACE GROUP 确定或输入已知的空间群
[A]Apply ABSORPTION corrections 吸收校正
[M]Test for MEROHEDRAL TWINNING孪晶缺面试验
[L]Reset LATTICE type of Original Cell重设原始晶胞的晶格类型
[C]Define unit-cell CONTENTS定义单胞的化学组成
[F]Setup SHELXTL FILES建立计算指令文件
[R]RECIPROCAL Space Displays显示倒易空间
[U]UNIT-CELL transformations转换晶胞
[T]Change TOLERANCES改变一些变量的容忍值
[O]Self-rotaion function自旋函数
[Q]Quit Program退出程序
功能特色
1、数据校正-SADABSSMART CCD由于设备的特殊性使得它不具有四圆一样的PSI校正(由于晶体外观的不对称性)，但由于在CCD所收集的数据中有很多对的等效点，因而也可拟合出一条经验校正曲线。SADABS就是Sheldrick特别为CCD数据编写的校正程序。
由于SADABS使用等效点，因而要求输入正确的Laue群，只有正确的Laue群才能保证校正的正确性。
SADABS还提供了与θ有关的校正——所谓的球形校正，它的原理就是在不同的θ角衍射时，X射线通过的光程不同，因而吸收也不同，该校正要求μR值，其中R为晶体几何尺寸中最小的边长，而晶体的吸收因子μ是由化合物的分子式决定的，因而只有在结构完全解释出来之后才能进行这个校正，而这种校正目前有些刊物是要求提供的。也正因为如此，要求保留最原始的数据文件*.RAW。
2、数据处理-XPREP
XPREP主要完成数据处理工作，它要求存在RAW或HKL文件，它的使用命令是：
Xprep name
它是一个交互式菜单驱动程序并提供了一个缺省运行过程：
1.从name.hkl文件(若存在)或name.raw文件中读入衍射点
2.从name.p4p或键盘获得单胞参数及误差；
3.判断晶格类型
3、寻找最高对称性
单胞参数只是晶体对称性的外在表现形式，衍射点的对称才是晶体对称性的内在表现。虽然SMART中也对晶格类型进行判断，但由于CCD中搜寻衍射点的对称性的代价较为昂贵，通常在收集数据时不检测衍射点的对称性，这样导致在收集数据时所判断的对称性不准确，而且由于此时进行指标化的衍射点未必很好，导致某些轴之间的偏差比设定的偏差大从而不能得到真正的对称性，即使选定的对称性比实际的对称性要低。而在SAINT以大量的衍射点精修单胞参数之后，单胞参数趋向真实值，此时再对单胞参数进行转化，可以更准确地得到晶体的对称性。
4、确定空间群
XPREP按照选定的晶系，晶格类型，E值统计，消光特点来判断空间群，并给出了可能的空间群及其对应的综合因子CFOM，CFOM越小，空间群的可能性越大，一般CFOM小于1表明建议的空间群很大可能是正确的，而CFOM大于10则表明可能是错误的，通常CFOM小于10的空间群是可以接受的
5、输入分子式
SHELXTL在进行结构解释时，分子式并不十分重要，重要的只是原子的种类，当然在有有机基团存在的情况下只提供原子种类是难以进行结构解释的，必须提供有机基团的结构类型，最简单的例子：六元环可能是苯环，也可能是吡啶环甚至其它的环，若不知基团类型是无法解释的。
但在产生结构报表时还是需要准确的分子时，甚至在进行与θ有关的校正时也需要准确的分子式。
在输入原子种类之后，XPREP将产生name.ins及name.hkl文件，到此完成数据处理工作。
6、结构解释——XS
除非有异质同晶的化合物结构(可以套用它的结构)，否则任何化合物的结构解释都必须对结构进行初解释。SHELXTL中XS可通过①直接法；②Patterson法；③碎片法对结构进行解释，它的运行命令如下：
xs name
它要求存在name.ins及name.hkl两个文件，并将产生name.res文件，在name.res文件中，XS自动按照所给的原子种类把最强的峰命名为最重的原子，并把后续的峰按照其强度进行可能的命名，同时还进行结构修正，产生更多的差Fourier峰。在某些情况下XS结果是极其准确的，它可以直接得到大部分结构(直接法)，而这些结构在后续的差Fourier峰中都未必看的更清楚。
表征直接法质量的参数有：CFOM及RE，它们越小表明直接法越成功，通常情况下CFOM在0.1，RE在0.3以下表明直接法可能是成功的。
但直接法也有其局限性，特别是对于那些单斜晶系有心空间群，此时可把空间群降低成无心结构但要记住最后必须把它还原成有心结构，或者可使用Patterson法。在有超过Na的重原子存在的条件下，Patterson法可以给出较好的结果，但Patterson不进行结构修正，也没有很好的表征参数。
shelxtl怎么运行不了？
方法一project→delete掉所有project，hkl文件不行，试试p4p文件。:hand::hand::hand::hand:
方法二
Project name换一个，有重名的
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